Setelah itu, Ali mendapat penugasan sebagai Rektor Universitas Telkom Purwokerto untuk periode 2017-2021.
Namanya kembali muncul dalam bursa pemilihan Rektor Unsoed periode 2026-2030. Saat itu, Ali bersaing dengan Akhmad Sodiq dan Adi Indrayanto, sebelum akhirnya Akhmad Sodiq terpilih sebagai rektor.
Kini, Ali kembali ke almamaternya dengan mandat berbeda sebagai Plt Rektor.
Penunjukan Ali Rokhman dilakukan Kementerian Pendidikan Tinggi, Sains, dan Teknologi (Kemdiktisaintek) untuk menjaga keberlangsungan penyelenggaraan pendidikan tinggi di Unsoed.
Plt Sekretaris Jenderal Kemdiktisaintek Prof Badri Munir Sukoco sebelumnya menegaskan pemerintah menghormati proses hukum yang sedang berjalan dan menyerahkan penanganannya kepada KPK.
“Kami sepenuhnya menghormati proses hukum yang sedang berjalan, menyerahkan penanganannya kepada KPK, serta siap berkoordinasi penuh untuk mendukung penegakan hukum tersebut,” kata Prof Badri dalam konferensi pers di Unsoed, Minggu 23 Agustus 2026 seperti dimuat laman Unsoed.
Dengan penunjukan tersebut, kewenangan rektor untuk menjalankan administrasi dan tata kelola universitas berada di tangan Plt Rektor sesuai mandat yang diberikan.
Ali juga tidak hanya bertugas menjaga keberlangsungan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Ia mendapat tanggung jawab untuk memfasilitasi persiapan pemilihan rektor definitif berdasarkan statuta Unsoed dan peraturan senat.
Ali Rokhman menyatakan siap menjalankan amanah yang diberikan kepadanya.
Dalam masa awal kepemimpinannya, ia memilih fokus memastikan pelayanan kepada seluruh unsur kampus tidak terganggu.
“Ini suatu amanah yang luar biasa. Fokus utama adalah memastikan layanan Tri Dharma Perguruan Tinggi tetap berjalan lancar,” ujar Prof Ali Rokhman.
Selain menjaga aktivitas akademik, Ali menyatakan menghormati proses hukum yang tengah berlangsung.
Ia juga berkomitmen menjaga suasana internal Unsoed tetap kondusif serta mempertahankan kepercayaan masyarakat terhadap perguruan tinggi tersebut.
