Namun dalam pelaksanaannya, Yaqut Cholil Qoumas diduga membagi kuota tersebut secara tidak sesuai dengan ketentuan. Dari total tambahan 20.000 kuota, sebanyak 10.000 dialokasikan untuk haji reguler dan 10.000 lainnya untuk haji khusus.
Padahal sesuai aturan yang berlaku, komposisi pembagian kuota seharusnya sekitar 92 persen untuk haji reguler dan 8 persen untuk haji khusus.
Dalam proses pembagian tersebut, penyidik juga menemukan adanya permintaan fee percepatan bagi calon jemaah haji khusus sebesar 2.000 dolar AS atau sekitar Rp33,8 juta per orang.
Permintaan biaya tambahan tersebut disebut dilakukan atas perintah IAA. Dana yang terkumpul juga diduga digunakan untuk mengondisikan Panitia Khusus (Pansus) Haji, yang disebut diketahui oleh Gus Yaqut.
Berdasarkan hasil penghitungan yang dilakukan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), dugaan praktik korupsi dalam pengelolaan kuota haji tersebut menimbulkan kerugian keuangan negara yang cukup besar.
Total kerugian negara yang ditimbulkan diperkirakan mencapai Rp622 miliar.
Sebelum dilakukan penahanan, proses penyidikan perkara ini sempat diuji melalui gugatan praperadilan yang diajukan oleh Yaqut di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
Namun, hakim memutuskan menolak seluruh permohonan tersebut. Dengan demikian, proses penyidikan yang dilakukan oleh KPK dinyatakan sah secara hukum.
Atas perbuatannya, Yaqut Cholil Qoumas dan IAA dijerat dengan sejumlah pasal dalam Undang-Undang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi.
Keduanya disangkakan melanggar Pasal 2 ayat (1) dan/atau Pasal 3 Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi sebagaimana telah diubah melalui Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001.
Selain itu, keduanya juga dijerat dengan Pasal 55 ayat (1) ke-1 Kitab Undang-Undang Hukum Pidana (KUHP) terkait penyertaan dalam tindak pidana.
