Dalam pelaksanaannya, pemberian amnesti ini melibatkan koordinasi intensif antarinstansi pemerintah. Beberapa kementerian dan lembaga yang terlibat dalam proses seleksi dan verifikasi ini antara lain yaitu Kementerian IMIPAS; Badan Narkotika Nasional; Kementerian HAM; Kemenko Bidang Hukum, HAM, IMIPAS; serta Kementerian Sekretariat Negara.
Sinergi ini dinilai penting untuk memastikan bahwa proses pemberian amnesti berjalan dengan transparan, objektif, dan sesuai dengan semangat kemanusiaan yang diusung Presiden Prabowo.
Program amnesti ini bermula dari data awal sebanyak 44.495 narapidana dan anak binaan yang dikumpulkan pada Februari 2025. Namun, setelah dilakukan seleksi awal dengan prinsip kehati-hatian dan kecermatan, jumlah tersebut menyusut drastis menjadi 1.669 orang pada April 2025.
Kini, dari 1.669 orang yang telah diperiksa secara administratif, 1.178 telah lulus seleksi, dan 493 lainnya masih menjalani proses verifikasi lebih lanjut.
Langkah ini menunjukkan komitmen pemerintah dalam menerapkan keadilan restoratif, dengan tetap memprioritaskan kemanfaatan sosial, perlindungan terhadap kelompok rentan, dan penghormatan terhadap hukum yang berlaku.
